Seyyid Harun Camii, kentin güneyinde bulunan Seyyid Harun Veli Külliyesi’nin çekirdeği ve ana yapısıdır. Külliye, Seydişehir’i ziyaret eden yerli ve yabancı herkesin ilk görmek istediği yerlerin başında gelir. Kitabesi günümüze gelemediğinden caminin yapım tarihi kesin olarak bilinmemektedir ancak Seyyid Harun Veli’nin torunları tarafından kaleme alınmış olan Makalat isimli el yazması eserden hareketle, caminin 1302-1320 yılları arasında yapıldığı tahmin edilmektedir.
Seyyid Harun Veli Camii, Türkiye Selçukluları ve Anadolu Beylikleri döneminde örnekleri sıklıkla görülen, düz damlı ve ahşap sütunlu camiler tipinde yapılmıştır. Seydişehir'in 30 kilometre kuzeybatısında bulunan ahşap direkli, toprak damlı camilerin en güzel örneği olan Beyşehir'deki Eşrefoğlu Cami’den aşağı yukarı 10 yıl sonra inşa edilen Seyyid Harun Veli Cami’nin ustaları burayı daha sade ve gösterişsiz yapmışlardır. Kuzey cephesine bitişik olarak ikisi cümle kapısının solunda, biri de sağında olmak üzere üç kümbet yer almaktadır. Bunlardan sağ tarafta bulunan tek kümbet, caminin banisi Seyyid Harun Veli’ye ait olup, kuzey cephesi önünde sıralanan kümbetlerden ikincisi Seyyid Harun Veli’nin kızı Halife Sultan’a, ona bitişik olan üçüncü türbe de Rüstem Bey ve Sultan Hatun’a aittir.
Seydişehir’in manevî kurucusunun adını taşıyan şehrin en eski ve tarihî yapısı olma vasfına sahip olan Seyyid Harun Veli Camii, günümüzde bütün ihtişamıyla ayakta durmaktadır ve yedi asırdır ezan sesi hiçbir zaman kesilmeden burada ibadet yapılmaya devam edilmektedir