Anadolu’daki ilk Hıristiyan mabetlerinden Aya Ele hacı olmak için Kudüs’e giderken yolu Konya’dan da geçer ve Sille’ye bu kiliseyi yaptırır. Kilise Selçuklu, Osmanlı ve Cumhuriyet sayesinde günümüze sağlam bir vaziyette ulaşabilmiştir.
Aya Elenia Kilisesi’nin en son restorasyonu Selçuklu Belediyesi tarafından 2009-2013 yılları arasında yapılmıştır. Restorasyon sırasında kilisenin duvarları, kubbesi, örtüsü, zemini ve avlusu elden geçirilmiştir. Restorasyonun tamamlanmasıyla birlikte kilise, Aya Elenia Müzesi olarak ziyarete açılmıştır. Restorasyon kazıları sırasında çıkan bazı taş eserler müzenin avlusunda sergilenmektedir.